دستگاه FTIR در زمینه های تخصصی متنوعی کاربرد دارد. برخی از این زمینه های تخصصی عبارت اند از: شیمی تجزیه، شیمی آلی، فیزیک حالت جامد، علوم مواد، زیست شناسی مولکولی، بیوشیمی، نلنو فناوری، پلیمرها، مهندسی محیط زیست و پزشکی و داروسازی.